مهم ترین بنای تاریخی این شهر، مسجد جامع نایین از سده چهارم هجری است که بنای نخستین آن را مربوط به سده نخست هجری می دانند. این مسجد از نادر مسجد های بنا شده با طرح و الگوی مسجد مدینه(نخستین مسجد) بوده و عنصر اصلی تزئیناتی مسجد را گچ بری های نفیسی از سده چهارم هجری تشکیل میدهد.همچنین محراب این مسجد با تزئینات عالی گچ بری در نوع خود کم نظیر و بی همتاست.